View Project

Norwegian AI Directory

E!10688 Fusion of Bioinformatics and phosphoproteomics to design novel Glioma Treatment Strategies


Description:

Glioblastoma er en svært heterogen hjernesvulst med dårlig prognose for behandling på grunn av svulstens diffuse infiltrerende karakter. Prosjektet fokuserer på teknologi basert på fosfor-peptidprofilering og bioinformatikkanalyse for å karakterisere glioblastoma tumorvev med det formål å bedre forutsi utfallet av behandlingsregimet samt veiledning for å velge individualiserte terapier. Kritisk diagnostisk informasjon lar helsepersonell tilpasse behandlingsregimet til svulstpasienten. Hovedmålet med prosjektet er utvikling av en validert diagnostisk arbeidsflyt for reseksjonert tumorvev fra glioblastomapasienter. Produktet kombinerer to unike teknologier: A) Platform for massespektrometri for å bestemme fosfor-proteomiske profiler fra Pepscope og Erasmus Medical Center B) Coremine bioinformatisk analyse fra PubGene Massespektrometri og bioinformatikkanalyse vil bli tilbudt som en komplett tjeneste (GlioPhos). Dette vil gjøre det mulig å gi informasjon for å støtte diagnostiske og terapeutiske beslutninger som tas for enkeltpasienter som et tumorfenotype-basert alternativ til ikke-målrettet cellegift, som vanligvis gir alvorlige bivirkninger. I det første del av prosjektet ble primære cellekulturer og cellelinjer brukt for optimalisering av prøveforberedelses-protokoller, massespektrometri og dataanalyser. Basert på sekvensdata fra cellelinjene samt en rekke simulerings / inhiberingseksperimenter har ulike kinasinhibitorer blitt testet. Bioinformatikkmetoder og verktøy har blitt utviklet for å gi en integrert analyse og tolkning av proteom- og fosfor-peptidprofildata fra massespektrometri. Dette gir en unik mulighet til å få et detaljert og direkte bilde av deregulerte kinaser og signalveier i kreftceller. I prosjektet har vi utviklet metoder for tekst-mining og dataekstrahering; algoritmer for dataanalyse og behandlingsprediksjon basert på datasettene fra dette prosjektet. Det er utviklet analysemetoder for å tolke proteomet og fosfor-proteomet fra ulike biologiske prøver. Prosjektert har resultert i en komplette diagnostisk prosedyre fra operasjonssalen til vevsanalyse. Verktøyet er så langt validert basert på begrenset tilgang på pasientvev. Disse resultatene er summert i en vitenskapelig artikkel, som nylig er innsendt for evaluering. I den forbindelse er det også satt opp en egen site hvor interessenter kan prøve pathway analyse verktøyet utviklet av PubGene. Ytterligere validering av den diagnostiske pipeline basert på en utvidet pasientmasse vil være nødvendig for kommersialisering av den komplette løsning. I påvente av dette ser vi nå på mulighetene for å kommersialisere PubGenes pathway analyzer som et stand-alone produkt. Dette vil være den første fasen av kommersialisering av produkter fra dette prosjektet.


Project leader: Fang Liu

Started: 2016

Ends: 2020

Category: Næringsliv

Sector: Næringsliv

Budget: 4298995

Institution: PUBGENE AS

Address: NA