View Project

Norwegian AI Directory

Causal inference and discovery for the microbiome (CARDAMOM)


Description:

Ett stort antal studier har lett till ökad optimism kring mikrobiomet och dess roll för att skapa en detaljerad förståelse för såväl mekanismerna bakom komplexa inflammatoriska och immunologiska sjukdomar, som upptäckt av effektiva mediciner samt preventiva åtgärder. Det finns fortfarande mycket bristfällig kunskap om den mekanistiska roll olika mikrober och deras metabolism spelar för etiologin bakom flertalet dylika sjukdomar. CARDAMOM projektet ämnar möjliggöra kausala upptäckter samt inferens for mikrobiomanalys genom utveckling av nya statistiska verktyg, kombinerat med biologisk och epidemiologisk expertis. I den första delen av projektetet utvecklas mer flexibla familjer av sannolikhetsmodeller för kausalanalys. I den andra delen utvecklas metoder för högdimensionell inferens för datorsimuleringsmodeller som saknar ett uttryck för likelihood av observerat data. Dessa kommer att möjliggöra prediktioner och kvantifiering av kausalrelationer i samband med dynamiska systemmodeller för mikrobiomet. De nya metoderna kommer att spridas via ELFI (www.elfi.ai) som representerar ett internationellt ledande mjukvaruprojekt med öppen källkod inom domänen för likelihood-fri inferens riktad mot simulatormodeller. Som ett led i CARDAMOM kommer även en genomisk kohortstudie av nasal- och tarmmikrobiomets utveckling att utföras bland spädbarn och de utvecklade statistiska verktygen tillämpas för att hämta väsentlig kunskap om systemets dynamik och konsekvenserna av kliniska interventioner. Vi förväntar oss ytterligare att de utvecklade verktygen kommer att vara användbara även inom andra områden av medicin, teknik och naturvetenskap.


Project leader: Jukka Corander

Started: 2020

Ends: 2025

Category: Universiteter

Sector: UoH-sektor

Budget: 11999995

Institution: UNIVERSITETET I OSLO

Address: NA