View Project

Norwegian AI Directory

GenomeMiner: a software tool enabling personalized cancer medicine


Description:

Den overordnede ideen i dette prosjektet er å utvikle et analyseverktøy for personlig kreftbehandling basert på sekvensdata. Dette verktøyet vil lese pasientens genetiske profil (basert på sekvensering av pasientens DNA) og ved hjelp av avanserte analyser, bistå legen (onkologen) i å kunne administrere den beste behandlingen for den individuelle pasient. Vi har nå ferdigstilt versjon 01 av verktøyet, GenomeMiner, og produktet er nå klargjort for kommersialisering. Produktet har vært gjennom omfattende testing som en del av en større en kreftbehandlings pipeline for person tilpasset behandling hos BGI. Den endelige versjonen av GenomeMiner er integrert i BGIs Tumor Care pipeline som tilbys i klink. GenomMiner tilfører følgende funksjonalitet til BGIs pipeline: 1. Punktmutasjoner kategorisert i henhold til "alvorlighetsgrad", dvs. hvor stor sjanse det er for at de er sykdomsdrivende, i forhold til en fokusert krefttype eller på tvers av krefttyper. 2. Affiserte gener med kromosomposisjon, flagging av mulig type kreft-gen (onkogene vs. tumor suppressor) og translatert proteinvisning med viktige funksjonelle domener og markering av punktmutasjoner. 3. Behandlinger (medisiner), både godkjente og de under utprøving, for de affiserte genene hvor dette er kjent og informasjon om behandlingsgodkjenning fra FDA. 4. Litteraturkoblinger til relaterte behandlinger og "state-of-the-art" forskningsinformasjon. 5. Relaterte kliniske studier og et rammeverk for å søke og filtrere i disse 6. Kobling av kliniske studier opp mot pasientens mutasjonsprofil som blir kartlagt gjennom BGI tumor panel 7. Bakgrunnsinformasjon fra mutasjonsdatabasen COSMIC. 8. Analyse av kopitallvariasjon og genekspresjon. 9. Kommandolinjetjeneste som støtter "batch"-modus analyse. 10. Egen API tilpasset BGIs pipeline. Samarbeide med BGI er nå på vei over til et kommersielt samarbeid. En kommersiell avtale er utarbeidet. Denne blir nå gjennomgått av fagfolk og jurister på begge sider og forventes signer i løpet i starten av Q3 2015.


Project leader: Tor-Kristian Jenssen

Started: 2012

Ends: 2015

Category: Næringsliv

Sector: Næringsliv

Budget: 8999990

Institution: PUBGENE AS

Address: